El Secretariado es uno de los órganos que surgió tras la asamblea constitucional de CCOO de Andalucía en 1977 y estuvo funcionando previo al primer congreso de 1978. En el VI Congreso, celebrado en 1992, desaparece la figura del Secretariado. No será hasta el VIII Congreso, en el año 2000, cuando reaparezca bajo la forma de Secretariado o Comisión Permanente de la Ejecutiva. Es un órgano de coordinación entre las distintas áreas o secretaría y el secretario o secretaria general, lo que en conjunto conforman la Ejecutiva.